قام المركز ، لتنفيذ الأهداف المرجوة منه بإصدار مجموعة من السلاسل العلمية التى تتعلق بأهداف المركز وهى:

1 -  مجلة رسالة المشرق : وهى مجلة دورية علمية محكمة فى مجال الدراسات الشرقية ، وتضم فى محتوياتها دراسات وأبحاث فى اللغات الشرقية وآدابها المختلفة ، كما ترحب المجلة بنشر الأبحاث والدراسات من كافة الباحثين على مستوى الجامعات المصرية والعربية والإسلامية والدولية ، وقد صدر منها حتى الآن الأعداد من الأول 1991 وحتى الرابع عشر 2004 .

2 - سلسلة الدراسات الدينية والتاريخية : وهى سلسلة تعنى بدراسة المجتمعات الشرقية التى تدخل فى نطاق تخصص المركز ونشاطاته . وقد صدر منها حتى الآن عدد 26 عنوانًا..

3 - سلسلة الدراسات الأدبية واللغوية : وهى تعنى بتقديم الدراسات الأدبية واللغوية المتخصصة فى مجال اللغات الشرقية ، وقد صدر منها 17 عنوانًا .

4 - سلسلة قضايا إيرانية : وهى تعنى بالدراسات المتعلقة بإيران وأحوال المجتمع الإيرانى . وقد صدر منها حتى الآن 5 أعداد .

5 - سلسلة فضل الإسلام والمسلمين على اليهود واليهودية : هى تعنى بإبراز الأثر الدينى والحضارى الإسلامى على الثقافة اليهودية ، وقد صدر منها 11 أعداد .

6 - سلسلة الحوار بين الأديان والتقاء الحضارات : وهى تعنى بتقديم وجهات النظر الإسلامية فى حوار الأديان والحضارات وتصحيح وجهات النظر الغربية عن الإسلام والمسلمين، وقد صدر منها 3 أعداد.